VSO Nederland hanteert bij de beloning van alle medewerkers de CAO Welzijn. Alle functies zijn ingeschaald conform de richtlijnen van Goede Doelen Nederland. De leden van de Raad van Toezicht krijgen geen vergoeding. Kantoorvrijwilligers ontvangen een reiskostenvergoeding. De beloning van de directie wordt door de Raad van Toezicht vastgesteld (volgens Adviesregeling Beloning Directeuren van Goede Doelen). De brancheorganisatie Goede Doelen Nederland heeft deze adviesregeling vastgesteld op basis van het advies van de Commissie Goed Bestuur voor Goede Doelen (de Commissie Wijffels). De co-directeuren van VSO vallen in schaal E, die gemaximeerd is op EUR 95.764.